Antiguamente una buena parte del territorio del Distrito Federal fue ocupado por el sistema de lagos de la cuenca de
México. Esta se formó hace más de un millón de años con la aparición de la Sierra de Chichinauhtzin, que represó a
los ríos que corrían hacia el sur y produjo que las aguas se acumularan formando un gran lago; posteriormente, la
cuenca fue abierta por obra del ser humano a través de la construcción de los tajos de Huehuetoca y Nochistongo, en
el Estado de México, para desviar al río Cuautitlán que era el que causaba las inundaciones en aquella época.
El agua de los ríos que aún bajan al Distrito Federal es conducida al lago de Texcoco o al Gran Canal del Desagüe para ser drenada hacia el Golfo de México, a través del sistema Tula-Moctezuma-Pánuco. Los únicos cursos de agua que sobreviven en la entidad federativa nacen en la sierra de las Cruces o en el Ajusco, y son de poco caudal. Muchos de ellos corren entre barrancas que han sido ocupadas por asentamientos humanos, lo que pone en peligro tanto a los habitantes como a los ecosistemas asociados al río. Ejemplos de estos ríos son: San Joaquín, Tacubaya, San Ángel, Barranca del Muerto, Los Remedios, Río Hondo, Mixcoac, Magdalena, etc. El más largo de estos ríos es elMagdalena, que corre por el área protegida de Los Dínamos, antes de ser entubada y desembocar en el río Churubusco.
Antes del gobierno de Porfirio Diaz, se podia observar una gran cantidad de lagos, pero con el paso del tiempo, estos lagos se fueron aprovechando de una manera en la que dejaron de ser un area turistica, y se convirtieron en simples proovedores de agua para todo el estado.
